Der gebürtige Kärntner begann seine Berufslaufbahn als Techniker beim Bau von Autobahnen und Brücken, beschloss dann aber, Germanistik und Geschichte in Salzburg zu studieren. Ab 1967 arbeitete er bei den „SN“, von 1982 bis 2003 war er Leiter des Kulturressorts.
Nach der Pension blieb er der Zeitung als freiberuflicher Theater- und Literaturkritiker und Feuilletonist erhalten und schrieb für mehrere andere Medien. Als Autor verfasste er Sachbücher, Romane, Kinderbücher, Theaterstücke, Hörspiele und ein Fernsehspiel. Thuswaldner war auch in verschiedenen Kulturinstitutionen tätig. 1992 wurde er mit dem Goldenen Verdienstzeichen des Landes Salzburg ausgezeichnet. Werner Thuswaldner war verheiratet und Vater von vier Kindern. Er lebte mit seiner Familie in Salzburg.